Fue criado en el seno de familia muy humilde. Se doctoró en Filosofía y Letras y en Derecho, de formación krausista, consiguió la titulación como notario, función que desempeñó primero en Jaén (1888), luego en Madrid (1894) y finalmente en la localidad oscense de Graus (1904), a donde se retiró después de haber colaborado en la creación de la Unión Nacional, de la que formó parte el liberal Santiago Alba.
La primera iniciativa política reconocida de Joaquín Costa se produce al liderar la reunión extraordinaria de la Cámara Agrícola del Alto Aragón celebrada en Barbastro. El programa elaborado allí constituye, sin duda, el gran aldabonazo del regeneracionismo. La mayor parte de sus enunciados estaban ya en el primer manifiesto electoral de Costa presentado en 1896. Pero el verbo florido del aragonés cobra inusitada altura en el reflejo del gran desastre guerrero sufrido por España: «Siempre, desde que se constituyó la nacionalidad hace cuatro siglos, ha engañado a nuestros políticos el mapa, no viendo de la Península sino su extensión, no cuidándose de apreciar su grado de productividad, la población que podía mantener, los recursos con que podía acudir al Tesoro Público…»
Funda la Liga de Contribuyentes de Ribagorza, propugnando mejoras sociales y propuestas en materia hidráulica. Fue candidato a las elecciones en 1895 aunque no resultó elegido. En 1898, después del desastre colonial, crea la Liga Nacional de Productores, a la que se unen otros grupos, formando la Unión Nacional de la que Costa fue presidente.
Desaparecida la Unión en 1901, Costa se declara republicano en 1903 ingresando en la Unión Republicana de Nicolás Salmerón, con la que es elegido diputado a Cortes por Gerona, Zaragoza y Madrid, aunque no llegó a ocupar su escaño. Se dio oficialmente de baja del Partido Republicano en 1906, aunque ya había comunicado su dimisión en 1904.
Publicó Colectivismo agrario en España (1898), El problema de la ignorancia del derecho (1901) y la fundamental Oligarquía y caciquismo como la forma actual de gobierno en España (1902).
Principal teórico del regeneracionismo, movimiento de lucha contra el caciquismo del sistema político de finales del XIX. En 1903, renunció al escaño para el que había sido elegido en la candidatura republicana retirándose de la política. Joaquín Costa falleció en Graus, Huesca, el 8 de febrero de 1911.
